در مقاله حاضر ۳۱۰ نمونه از گونه ماهی یال اسبی سر بزرگ در مناطق آبهای چابهار، شرق تنگه هرمز، غرب تنگه هرمز و آبهای بوشهر با استفاده از روش ترال، صید شدند و مورد تجزیه و تحلیل­های ریخت‌شناسی و ریزماهواره‌ای قرار گرفتند. با استفاده از نرم‌افزارهای SPSS، نسخه ۲۰ و Primer، نسخه ۵، صفات ریختی تجزیه و تحلیل شدند و میزان شباهت جمعیت‌ها و افراد مشخص گردیدند. در بررسی ریزماهواره‌ها میانگین شمار آلل به ازای جمعیت، ۰۰/۷ مشاهده شد. همچنین شمار آللی به ازای جایگاه آللی، ۱۵-۳ آلل بدست آمد و با میانگین ۱۷/۷ و میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب ۳۲/۰ و ۷۵/۰ بود. از ۷ جایگاه بررسی شده، ۶ جایگاه از ترازمندی هاردی-واینبرگ انحراف داشتند. بیشترین مقدار Fst بر اساس آزمون AMOVA بین جمعیت غرب تنگه هرمز با جمعیت مربوط به آبهای چابهار ۱۴۵/۰ و کمترین  Fst در بین جمعیت‌های آب‌های بوشهر و آب‌های چابهار ۰۹۵/۰ بوده ‌است.