هدف از مقاله حاضر، بررسی مقایسه ای شاخص ریسک اکولوژیک فلزات سنگین در شمال خلیج فارس (استان های هرمزگان و بوشهر) است. به همین منظور در سال 1391 نمونه گیری از رسوبات سطحی 58 ایستگاه در حوزه خلیج فارس به صورت ترانسکت خطی از ساحل به سمت منطقه فرا ساحل انجام گردید. کلیه نمونه ها با رعایت اصول نمونه برداری برای آنالیز فلزات سنگین به آزمایشگاه انتقال یافتند و غلظت کل فلزات Cu As, Cr, Cd, Pb, Zn, Hg, با استفاده از هضم اسیدی و توسط دستگاه پلاسمای جفت شده القایی  اسپکترومتری جرمی (ICP-MS ) آنالیز شدند. همچنین دانه بندی ذرات و میزان محتوای کربنات رسوب اندازه گیری شد. نتایج نشان داد که بافت عمومی رسوبات سیلت  لومی و میزان کربنات¬ها از 5/8 تا 72/53 متغیر است. با توجه به شاخص ریسک انفرادی اکولوژیک (ER ) عناصر کادمیوم، جیوه وآرسنیک ریسک متوسط ایجاد می نمایند. میانگین شاخص ریسک اکولوژیک ( (RI 335 بدست آمد که نشان دهنده وجود ریسک بالا در کل حوزه مورد مطالعه است. علی رغم بالاتر بودن این شاخص در استان هرمزگان هر دو استان بوشهر و هرمزگان در رده خطر بسیار بالا از نظر ریسک اکولوژیک قرار گرفتند. پهنه بندی انجام شده برای ریسک اکولوژیک در محیط GIS نشان دهنده کاهش تدریجی شاخص RI از ساحل به سمت فراساحل است که این موضوع اهمیت تخلیه آلاینده های زیست محیطی از منابع زمینی به حوزه دریایی را خاطر نشان می سازد.