در مقاله حاضر 310 نمونه از گونه ماهی یال اسبی سر بزرگ در مناطق آبهای چابهار، شرق تنگه هرمز، غرب تنگه هرمز و آبهای بوشهر با استفاده از روش ترال، صید شدند و مورد تجزیه و تحلیل­های ریخت‌شناسی و ریزماهواره‌ای قرار گرفتند. با استفاده از نرم‌افزارهای SPSS، نسخه 20 و Primer، نسخه 5، صفات ریختی تجزیه و تحلیل شدند و میزان شباهت جمعیت‌ها و افراد مشخص گردیدند. در بررسی ریزماهواره‌ها میانگین شمار آلل به ازای جمعیت، 00/7 مشاهده شد. همچنین شمار آللی به ازای جایگاه آللی، 15-3 آلل بدست آمد و با میانگین 17/7 و میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 32/0 و 75/0 بود. از 7 جایگاه بررسی شده، 6 جایگاه از ترازمندی هاردی-واینبرگ انحراف داشتند. بیشترین مقدار Fst بر اساس آزمون AMOVA بین جمعیت غرب تنگه هرمز با جمعیت مربوط به آبهای چابهار 145/0 و کمترین  Fst در بین جمعیت‌های آب‌های بوشهر و آب‌های چابهار 095/0 بوده ‌است.